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- 珊瑚基因组学和转录组学
- 头足类动物毒性的演化
- 抗菌肽发现软件
- 基因和/或蛋白表达数据的统计分析
- 研究学科
作为一名生物信息学家,我可以结合我在分子生物学和计算工具方面的双重兴趣。我的职业生涯反映了这种学科边界的跨越。在完成了我在JCU的海洋生物和化学的本科学习后,我在澳大利亚国立大学攻读了物理学博士学位。之后,我与Markus Deserno在德国马克斯普朗克聚合物物理研究所合作,在那里我帮助开发了一个模拟大规模脂质自组装的模型。随后,他在英国与比尔·萨瑟兰(Bill Sutherland)教授一起研究了几年农田的经济和生态模型。2010年我回到澳大利亚,开始在拉筹伯大学的质谱分析机构担任生物信息学家。我很快意识到,生物信息学是我结合各种计算和生物学兴趣的理想方式。2016年,我转到詹姆斯库克大学教授生物信息学,并使用生物信息学工具回答与海洋生物分子生物学和热带疾病相关的广泛研究问题。
我对大型基因组、转录组和蛋白质组数据集的分析感兴趣。我使用并开发了计算工具,利用这些数据来发现基因组序列在细胞和整个有机体生物学中所扮演的角色。我从事各种各样的研究问题,包括许多与人类和兽医健康以及水产养殖、珊瑚生物学和头足类毒素有关的问题。
- 出版物
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这些是与这位作者有关的最新出版物。要查看存储在JCU的所有出版物的详细资料,请访问ResearchOnline@JCU.悬停在Altmetrics徽章上查看社交影响。
- 期刊文章
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安德拉德罗德里格斯N,火山泥琼斯R,米勒D库克I(2021年)基因型多样性在珊瑚竞争性相互作用中的意义:转录组学的视角。生态学与进化前沿,9。
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Grinblat米, Cooke I, Shlesinger T, Ben-Zvi O, Loya Y,米勒D和考曼P(2021年)蘑菇珊瑚科的生物地理、繁殖生物学和系统发育差异。分子系统发育和进化,164。
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梅森B,库克I,莫亚A,奥古斯丁R,林M,佐藤N,博世T,伯恩维,海沃德D,安德拉德N, Forêt S,颖H,球E和米勒D(2021)来自千孔Acropora millepora的AmAMP1和damicornin定义了一个与海葵Shk毒素相关的珊瑚特异性抗菌肽家族。发育与比较免疫学,114。
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Caruana N,Strugnell J,芬恩J,法乌P,普卢默K和库克I(2020年)条纹睡衣乌贼(Sepioloidea lineolata)黏液和腹侧外套腺的定量蛋白质组学分析。蛋白质组学研究杂志,19。1491 - 1501页
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胡颖,张军,张军,张军,张军,张军,张军场米罗德里格斯-兰蒂M,贝尔S,伯恩维范奥蓬M,拉根M和米勒D(2020)珊瑚全生物的基因组特征揭示了全新世气候变化和珊瑚礁特定共生体驱动的宿主适应。科学进展,6(48)。
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芬格赫特L,米勒D,Strugnell J,戴利N和库克一世(2020年)ampir:用于抗菌肽全基因组快速预测的R包。生物信息学,36(21)。
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Mohamed A、Chan C、Ragan M、Zhang J、Cooke I、Ball E和米勒D(2020)铬属和共生菌科的转录组学比较分析。环境科学通报,12 (4). pp. 534-443
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Schmidt C, Wilson D, Cooke I, Potriquet J,Tungatt KMuruganandah V, Boote C, Kuek F,英里J,Kupz一瑞安年代,部门的一个Bansal P, Takjoo R,米勒D, Peigneur S, Tytgat J和戴利N(2020)石珊瑚Heliofungia actiniformis中一肽的鉴定与鉴定。天然产物学报,83(11)。3454 - 3463页
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谢尔B,库克I,霍尔N,罗宾逊N和Strugnell J(2020)对模拟热浪事件敏感和有弹性的鲍鱼的基因表达差异。水产养殖,526年。
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怀特洛B,库克I,芬恩J,达冯塞卡R,里沙德E,吉尔伯特M,西马科夫O和Strugnell J(2020)章鱼的适应性毒液进化和毒性是由广泛的新基因形成、扩展和丢失所驱动的。GigaScience 9(11)。
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Caruana N,Strugnell J, Faou P, Finn J和Cooke I (2019)条纹睡衣乌贼(Sepioloidea lineolata)和南方瓶尾乌贼(Sepiadarium austrinum)粘液的比较蛋白质组学分析(头足纲:Sepiadariidae)。蛋白质组学研究,18 (3). pp. 890-899
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Cooke I, Mead O, Whalen C, Boote C, Moya A, Ying H, Robbins S,Strugnell J,亲爱的,米勒D, Voolstra C和Adamska M (2019)分子技术及其局限性塑造了我们对全息生物的看法。动物学,137年。
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安德拉德罗德里格斯N,火山泥琼斯R,米勒D库克I(2021年)基因型多样性在珊瑚竞争性相互作用中的意义:转录组学的视角。生态学与进化前沿,9。
- 更多的
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ResearchOnline@JCU商店48 +研究成果作者是Ira Cooke博士,从2011年开始。
- 目前的资金
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当前和最近的研究经费以资金来源和项目来说明对JCU的贡献。
澳大利亚研究理事会-联系-产业转型研究中心
ARC研究中心通过遗传解决方案增压热带水产养殖
- 表明资金
- 与澳大利亚基因组研究机构合作,4年4,996,503美元(15万美元);小天鹅湾珍珠PL(50万美元);主流水产养殖(500000美元);Sea Forest Pty Ltd(50万美元)和THE COMPANY ONE Pty Ltd(50万美元)
- 总结
- 该项目旨在将最前沿的遗传和基因组方法整合到澳大利亚北部热带地区的创新型水产养殖企业中。它将提供必要的遗传知识,以促进五种物种(鲈鱼、珍珠牡蛎、对虾、石斑鱼和海洋海藻)的世界领先的高产育种项目,同时对抗病的遗传基础以及生产环境如何与细菌微生物组、病原体和水质相互作用导致疾病的新认识。它将提高澳大利亚向水产养殖部门提供先进遗传学成果的能力,同时提高生产力、国际竞争力,并降低疾病风险。
- 调查人员
- 院长杰里,Kyall曾庆红本杰明•海斯岩石de Nys,大卫伯恩,Andreas Lopata,罗恩白,Jan Strugnell,Chaoshu曾,凯利康登,Mostafa拉希米Azghadi, Ira Cooke和狮子座Nankervis北京理工大学科学与工程学院;昆士兰大学公共卫生与医学与兽医科学学院
- 关键字
- 选择育种;基因组学;水产养殖
澳大利亚热带学术健康中心有限公司-研究种子资助
使用便携式长读测序诊断北方地区慢性肾脏疾病
- 表明资金
- 2年5万美元
- 总结
- 该项目致力于慢性肾病(CKD)遗传倾向的早期诊断,CKD给北昆士兰人口带来越来越大的负担,并对澳大利亚土著人民造成了不平等的影响。我们将开发一种移动诊断管道,使用靶向的DNA/RNA长读测序方法,对遗传性CKD易感物和循环生物标志物进行快速和经济高效的筛查。
- 调查人员
- Ulf施密茨,Mallett安德鲁,马特领域,保罗•霍尔伍德中校,海伦怀特、Chirag Patel、Ira Cooke和Ben Lundie(公共卫生、医学和兽医科学学院、医学和牙科学院、卫生保健科学学院、昆士兰临床遗传学服务而且病理学昆士兰)
- 关键字
- 读测序;纳米孔;慢性肾脏疾病;基因检测;有针对性的测序;转录组的复杂性
PADI基金会-研究补助金
利用珊瑚的基线基因表达作为对大堡礁热应激敏感性的预测因子
- 表明资金
- 1年10,670美元
- 总结
- 我的工作探索了跨越GBR的多种珊瑚物种的局部热适应模式。我将研究导致种群热弹性差异的基因变化。该项目将识别在更耐受性个体中上调的基因,使这些基因成为珊瑚耐热性遗传标记的潜在候选基因。这样的转录标记将使我们能够快速探索可量化的热耐受性指标。具体目标概述如下。?识别易感和耐药个体的差异表达基因。?开发基因标记,以预测珊瑚热应激反应部署在大的空间尺度。
- 调查人员
- 约瑟芬·尼尔森,艾拉·库克,Jan Strugnell公共卫生、医学与兽医科学学院、科学与工程学院、澳大利亚海洋科学研究所,悉尼科技大学)
- 关键字
- 小鹿角螺(鹿角螺科);基因表达;RNASeq;热耐受性;生物信息学;珊瑚
澳大利亚研究理事会-联系-项目
珊瑚恢复力和生物多样性的最佳管理
- 表明资金
- 3年35,760美元(由科廷理工大学管理)
- 总结
- 珊瑚礁管理者面临的最紧迫的问题之一是“造礁珊瑚能否在气候变化中存活下来?”要回答这个问题,管理人员需要知道珊瑚生物多样性对气候干扰的反应;适应和适应的潜力;以及监测、管理和恢复生物多样性的最佳方法。该项目将研究珊瑚生物多样性对干扰的恢复能力,并利用最近开发的基因组资源来探索赋予热耐受性的基因型特征。与政府、监管部门和行业团体合作,我们的目标是产生切实的成果和战略,以优化澳大利亚?与此同时,透过以博物馆为基础的外展活动,与公众互动。
- 调查人员
- 佐伊·理查兹,迈克尔·邦斯,大卫·米勒, Ira Cooke和Michael Stat与Jim Underwood, Nerida Wilson, James Gilmour和Andrew Halford (科廷理工大学公共卫生、医学和兽医科学学院,澳大利亚海洋科学研究所,西澳大利亚博物馆,西澳生物多样性和保护及景点部)
- 关键字
- 珊瑚;疣;抗压力能力;人口基因组学;生物标志物;群体遗传学
- 监督
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咨询认证:我可以成为你的顾问团的主要或次要顾问。
这些高等学位研究项目要么是当前的,要么是由在JCU过去5年内完成学业的学生完成的。链接标题显示论文可在ResearchOnline@JCU.
- 当前的
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- 细菌中PPDK的特性及其对pep的调控(博士、二级顾问/AM)
- 珊瑚再生和发育的分子基础比较(博士、二级导师)
- 利用机器学习方法识别基因组中的抗菌肽(博士、初级导师)
- 澳大利亚西北部耐热珊瑚群落自然选择的全基因组分析(博士、初级导师)
- g蛋白偶联受体(GPCRs)在珊瑚幼虫沉降中的作用与配体(博士、二级导师)
- 水质对千孔Acropora Millepora珊瑚生理性能的影响(博士、二级导师)
- 选择性繁殖珊瑚耐热性的基因组预测(博士、二级导师)
- 珊瑚礁修复技术(巨藻去除结合幼虫捕获和释放)对澳大利亚磁岛巩膜藻种群遗传多样性和连通性的影响(博士、二级导师)
- 利用生物信息学工具改进甲壳类和鱼类过敏的诊断(博士、二级导师)
- 了解一种新的骨骼肌肌生成调节因子(博士、二级导师)
- 黑带病病变进展过程中珊瑚和微生物的相互作用(博士、二级导师)
- 对大堡礁珊瑚的热塑性和阈值性能的全基因组评估(博士、二级导师)
- 珊瑚礁生物多样性的驱动因素——拮抗生物在浅生和中生珊瑚礁上支持物种丰富和丰富的作用(博士、二级导师)
- 与鲍鱼的夏季死亡率作斗争:一点点压力是有益的吗?(博士、二级导师)
- 南极海洋无脊椎动物的种群连通性(博士、二级导师)
- 完成
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- 珊瑚的生物地理学、繁殖生物学和早期发育(2022年,博士,二级导师)
- 对一种新的珊瑚模型Heliofungia actiniformis的分子研究(2022年,博士,二级导师)
- 肝癌和口腔癌治疗的新靶点和新策略(2021年,硕士,二级顾问)
- 彩虹之谜:蓝环章鱼物种复合体的基因组进化和物种边界(章鱼科:蓝环章鱼科)(2021年,博士,二级导师)
- 酸性植物少花叶藻(loophytum pauciflorum)的细菌群落特征(2021年,博士,二级导师)
- 软珊瑚和硬珊瑚之间的非接触竞争:转录组学的视角(2018年,博士,二级导师)
- 协作
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该地图显示了过去7年各院校的研究合作情况。
注意:地图上的点表示机构所关联的国家或州。Austria:\n- \n
- Universit\u00e4t Wien \n
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- Universit\u00e9 Catholique de Louvain \n
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- University of Copenhagen \n
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- Christian-Albrechts-Universit\u00e4t zu Kiel \n
- Universit\u00e4t Konstanz \n
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- National University of Ireland \n
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- Tel Aviv University \n
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- Kyoto University \n
- University of Tokyo \n
- National Institute for Basic Biology \n
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- Victoria University of Wellington \n
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- Nofima Marine \n
- Universitetet i Bergen \n
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- Polish Academy of Sciences \n
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- King Abdullah University of Science and Technology \n
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- National Taiwan University \n
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- University of Cambridge \n
- Wellcome Sanger Institute \n
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- University of Arizona \n
- \n
- Australian National University \n
- Commonwealth Scientific & Industrial Research Organisation \n
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- California Academy of Sciences \n
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- Florida Institute of Technology \n
- Florida International University \n
- \n
- Marine Biological Laboratory \n
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- University of Minnesota - Minneapolis-St Paul \n
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- University of Technology, Sydney \n
- The University of New South Wales \n
- \n
- The University of Queensland \n
- Australian Institute of Marine Science \n
- Great Barrier Reef Foundation \n
- Great Barrier Reef Marine Park Authority \n
- Queensland Clinical Genetics Service \n
- \n
- Flinders University \n
- University of Adelaide \n
- \n
- University of Tasmania \n
- CSIRO, Marine & Atmospheric Research \n
- \n
- Vanderbilt University \n
- \n
- La Trobe University \n
- The University of Melbourne \n
- Museum Victoria \n
- Monash University \n
- Department of Environment & Primary Industries (Vic) ... \n
- \n
- Curtin University of Technology \n
- The University of Western Australia \n
- WA Department of Biodiversity, Conservation and Attractions \n
- Western Australian Museum \n
- 5 +合作
- 4合作
- 3合作
- 2合作
- 1合作
- 表示热带地区(热带)