关于

Roger Huerlimann是日本冲绳科学技术研究所的博士后研究员。在那里，他正在研究热带礁鱼如何适应不断上升的海水温度和热浪。他仍然与詹姆斯库克大学有很强的联系，参与了多个正在进行的项目。

罗杰拥有微藻遗传学和生物化学博士学位、海洋生物学理学硕士学位和生物化学工程理学学士学位。自2014年完成我的博士学位以来，Roger首先作为研究助理(1年)，然后作为博士后研究(4年)，主要在水产养殖基因组学和分子生物学领域，具有很强的应用工业重点。在他的职业生涯中，罗杰研究过几种重要的商业水产养殖(澳洲肺鱼、黑虎虾和银唇珍珠贝)和渔业物种(珊瑚鳟鱼)，以及其他海洋物种(绿海龟、锤头鲨和锯鳐)。在这项工作中，Roger与詹姆斯库克大学海洋和环境科学学院的科学家，特别是可持续热带渔业和水产养殖中心、CSIRO的农业和食品部门以及澳大利亚基因组研究机构的科学家进行了强有力的合作。

Roger在开展和监督分子生物学和基因组学相关研究方面有丰富的经验，从实验室到完成所有所需的生物信息分析。这包括基因组的测序、组装和注释、转录组、元基因组编码(细菌16S、真菌ITS、真核生物12S或COI，以及用于表观遗传学分析的硫化物处理基因)和病毒/细菌元基因组学。

作为ARC ITRH高级对虾基因组执行团队的一员，Roger领导着该综合体的组装和注释工作包中国对虾学名:基因组，包括优化DNA提取方法，指导基于长和短读取数据的测序，以及开发基因组组装策略，与澳大利亚基因组研究机构密切合作。这项工作还包括对转录组的组装、注释和分析p .学名:和其他对虾类物种，并发表了几篇论文(例如，Huerlimann等人，2019年发表在《科学报告》上，Berry等人，2019年发表在《鱼类和贝类免疫学》上)。

自2014年以来，罗杰一直在监督JCU的Illumina MiSeq桌面测序器的使用。在此期间，他进行了近30次测序，促进了几个JCU研究小组的研究。他的工作特别专注于让博士生在JCU本地进行自己的测序运行，为他们提供实际的测序经验。Roger开发了扩增子测序(即元条形码)文库制备、测序和生物信息学协议，用于JCU水产遗传学组。他参与的研究包括高脂肪饮食喂养的小鼠粪便的微生物群(Villamil等人，2017年)，乌龟肠道(Ahasan等人，2017年;Ahasan等人，2019ab)、甲烷营养细菌财团(Chidambarampadmavathy等人，2017ab)、被寄生虫感染的澳洲肺鱼(Gomes等人，2019)和对虾肠(Villamil等人，2019)。

最近，罗杰特别关注了对虾和珍珠牡蛎养殖中微生物群落变化和疾病之间的相关性。作为实验的一部分，罗杰正在指导一名学生研究细菌微生物群p .学名:而且Fenneropenaeus merguiensis从孵化场的育苗和幼虫到生长出池塘的所有阶段。就他自己的研究而言，罗杰正在调查牡蛎微生物群和幼珍珠牡蛎死亡综合症之间的相关性，这是一个更大项目的一部分。

Roger还熟悉非细菌元条形码工作，例如珊瑚鳟胃内容物的膳食元条形码编码(Delvoo-Delva等人，2019年，Matley等人，2019年)。

在宏基因组分析方面，罗杰最近的一个项目涉及到对未解决的死亡率的调查p .学名:与JCU AquaPath实验室经理Kelly Condon博士合作，在孵化场进行后期幼虫(PLs)。为了解决这个问题，Roger对在am琼脂平板上生长的混合细菌群落进行了高通量测序，从而发现了多种可能与疾病相关的毒素基因。

罗杰也是与其他研究人员合作的几个环境DNA (eDNA)项目的一部分。这包括一个项目，利用eDNA为美国海军调查关岛双髻鲨的存在。

教学
  • BC3101:基因、基因组与发展(3级;TSV)
  • BC3203:生物信息学(3级;TSV)
  • BC5101:高级基因、基因组与发展(5级;TSV)
  • BC5203:先进的生物信息学(5级;TSV)
经验
  • 2020年至今博士后研究员冲绳科学技术研究所(日本冲绳)
  • 2015 - 2020博士后研究员詹姆斯库克大学(澳大利亚汤斯维尔)
  • 2014年至2015年研究助理詹姆斯库克大学(澳大利亚汤斯维尔)
  • 2009年至2014年获得哲学博士学位。论文题目:微藻脂类生物合成-乙酰辅酶a羧化酶的系统发育和关键酶的基因表达模式詹姆斯库克大学(澳大利亚汤斯维尔)
  • 2007 - 2008 -应用科学硕士。专业:海洋生物学,詹姆斯库克大学(澳大利亚汤斯维尔)
  • 2003年至2006年-高级分析师、研究主任及副组长MDS制药服务瑞士公司(瑞士Fehraltorf)
  • 1999 - 2002 -化学学士(生物技术工程师)。专业:生物化学，方向:生物化学苏黎世应用科学大学(瑞士温特图尔)
  • 1995年至1998年担任化学实验室助理学徒瑞士联邦水产科学与技术研究所(瑞士Duebendorf)
研究学科
荣誉
奖
  • 2008 - MAppSc:大学优秀奖章
  • 2002 -理学士:瑞士应用化学联盟(SVC)颁发的杰出表现奖
出版物

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期刊文章
更多的

ResearchOnline@JCU商店43 +研究成果由Roger Huerlimann博士于2010年开始撰写。

目前的资金

当前和最近的研究经费以资金来源和项目来说明对JCU的贡献。

汤斯维尔医院和卫生局-学习、教育和研究信托帐户

探索补充益生菌对早产儿的长期影响

表明资金
$12,700，为期5年(由THHS管理)
总结
益生菌补充现在是新生儿重症监护室(NICU)早产儿的标准护理;显著降低坏死性小肠结肠炎(NEC)的风险和死亡率。目前尚不清楚这种益生菌治疗对发育中的婴儿肠道菌群的长期影响。此前的一项研究表明，这对健康有积极影响，但仍存在两个重要问题。1.益生菌补充剂中的微生物似乎在婴儿肠道中定植，引起正向调节并减少疾病的发生率，这种效果是否会持续到生命的第一年?2.益生菌补充的标准是否应该扩大到包括所有婴儿?
调查人员
瑜伽Kandasamy,唐娜陆克文、罗杰·韦尔里曼和雅各布·韦斯特威(汤斯维尔医院和卫生局公共卫生、医学与兽医学院和科学与工程学院)
关键字
微生物;新生儿;NICU;肠道微生物组

汤斯维尔市议会-合同研究

克利夫兰湾净化厂使用海龟物种释放抗生素耐药性的生态影响

表明资金
3年$260,139
总结
克利夫兰湾是海龟的牧场。克利夫兰湾净化厂(CBPP)处理可能含有多种抗生素的废物。本研究旨在确定CBPP废水和直接接收环境中抗生素耐药基因的流行率和分布模式。克利夫兰湾的海龟将被用来确定抗生素和抗生素耐药基因的局部影响，与原始环境中的海龟进行比较。这项研究将为研究抗生素和ARG?污水处理厂排出物中含有的硫对生态健康和生态风险具有重要影响。
调查人员
Madoc希恩，罗伯特Kinobe，艾伦阿里尔Roger Huerlimann, Kezia Drane, Anna Whelan和Ian Bell(科学与工程学院，公共卫生，医学和兽医科学学院，汤斯维尔市议会而且QLD环境与科学系）
关键字
Anitbiotics;龟;风险评估;抗生素耐药基因;废水处理;微生物群

环境能源部-国家环境科学计划(NESP) -北澳大利亚环境资源中心

北澳大利亚eDNA计划-热带水域的水生监测和实地调查的革命性

表明资金
4年57万美元
总结
所有生物都将DNA释放到环境中。这被称为环境DNA (eDNA)。eDNA的捕获和分析(在土壤或水样中)是一种高效和灵敏的方法，可以检测大量物种的存在，而不需要实际捕获或观察生物体本身。eDNA现场取样只需收集水样和
调查人员
Damien洞穴，Jan Strugnell、罗杰·胡利曼、理查德·C·埃德蒙兹和院长杰里(TropWATER和科学与工程学院)
关键字
埃德娜;濒危物种;澳大利亚北部;外来害虫物种;水生监测工作;遗传学

儿童权利委员会发展北澳大利亚计划-项目

澳大利亚北部对虾养殖的生物安全

表明资金
两年441,819美元
总结
该项目通过对澳大利亚对虾养殖场进行首次全面和广泛的生物安全审计来解决生物安全风险。这个项目有两个组成部分。第一个是使用传统和分子诊断工具进行生物安全元分析，以确定目前在对虾养殖场中发生的病原体以及它们与生产力的关系。其次，一旦建立了病原菌群，该项目将为工业制定风险管理战略，并提供农场生物安全培训。了解疾病的风险，以及提高对农场内对虾的检测和监测能力，将导致澳大利亚北部对虾水产养殖更有效的管理做法。
调查人员
院长杰里，艾伦阿里尔，凯利康登Roger Huerlimann(科学与工程学院，公共卫生与医学与兽医科学学院)
关键字
中国对虾他们(Penaidae);疾病;虾;水产养殖

美国海军-利用环境DNA在关岛的阿普拉港和邻近近岸水域检测锤头鲨

利用环境DNA在关岛阿普拉港和邻近水域检测双髻鲨

表明资金
3年273,586美元(关岛大学管理)
总结
在关岛的阿普拉港有关于双髻鲨(Sphyrna lewini)的趣闻报道，但它们的时空分布模式还不太清楚。在印度-西太平洋亚种群的地理范围内，对种群数量、分布和栖息地利用的缺乏也很普遍。根据《濒危物种法案》，所有的莱温尼都受到国家保护，它们在阿普拉港的出现关系到美国海军的管理和保护战略以及必要的任务行动。该项目将确定双髻鲨在阿普拉港和奥罗特半岛近岸水域的时空分布和栖息地利用。
调查人员
汤姆Schils,Jan Strugnell，艾格尼丝勒港和Roger Huerlimann与Madalyn Cooper (关岛大学科学与工程学院
关键字
埃德娜;关岛;Sphyrna lewini (Sphyrnidae);双髻鲨

汤斯维尔医院和卫生局-学习、教育和研究信托帐户

发现与早产有关的粪便微生物群

表明资金
2年9 494元(由汤斯维尔医院和卫生局管理)
总结
早产儿肠道微生物群的发育对短期和长期的健康结果非常重要。我们对婴儿和新生儿微生物群的大部分了解都来自健康的足月婴儿。收集和了解TTH NICU队列的微生物组将为NICU收治的早产儿的微生物发育提供独特的见解。这些信息将为目前在NICU采取的干预措施提供进一步的证据，如给小于32周的婴儿服用益生菌。该项目支持基于证据的多学科研究，以一种新颖的方式评估新生儿微生物群的发展。
调查人员
瑜伽Kandasamy,唐娜陆克文，罗伯特·诺顿和罗杰·韦尔里曼(汤斯维尔医院和卫生局公共卫生、医学和兽医科学学院，汤斯维尔卫生服务区科学与工程学院
关键字
人类的;新生儿;词或早产;微生物;益生菌

澳大利亚政府农业、水和环境部-全国土壤科学挑战赛

澳大利亚高度重视的海洋害虫分子诊断分析方法的验证

表明资金
两年45,000元(由西澳渔业部管理)
总结
用传统方法检测海洋害虫是出了名的困难，缺乏准确性和昂贵。利用环境DNA检测海洋害虫的分子方法提供了相对廉价、高效和敏感的采样来检测可能存在的海洋害虫的希望。然而，许多这些试验还没有经过验证，无法确定是否存在外来海洋物种的敏感性和特异性。针对海洋害虫的分子技术的验证将决定该目的的适用性和性能，然后可将其考虑到监测的设计中。
调查人员
罗杰Huerlimann和院长杰里(理学院)
关键字
海洋害虫;埃德娜;早期检测;澳大利亚北部
监督

咨询认证:我可以成为你的顾问团的主要或次要顾问。

这些高等学位研究项目要么是当前的，要么是由在JCU过去5年内完成学业的学生完成的。链接标题显示论文可在ResearchOnline@JCU．

当前的
  • 利用环境DNA (eDNA)监测热带淡水生物多样性(博士、二级导师)
  • 养殖黑虎和香蕉虾肠道和环境微生物群落分析作为对虾健康和生产生物监测的工具(博士、二级导师)
  • 克利夫兰湾净化厂释放的新抗生素耐药性对海洋鳖类物种的生态风险评估。(博士、二级导师)
  • 利用遗传技术解决锯鳐在全球的发生和分布(博士、二级导师)
  • 探讨早产儿粪便微生物群(博士、二级导师)
完成
  • 澳大利亚北部和巴布亚新几内亚社区相关性金黄色葡萄球菌的基因组流行病学(2022年，博士，二级导师)
协作

该地图显示了过去7年各院校的研究合作情况。
注意:地图上的点表示机构所关联的国家或州。

Guam:\n
    \n
  • University of Guam
    • \n
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  • The Chinese University of Hong Kong
    • \n
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  • Okinawa Institute of Science & Technology Promotion Corporation
    • \n
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  • University of Salford
    • \n
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  • University of the Virgin Islands
    • \n
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  • CSIRO Agriculture and Food
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    \n
  • University of Florida
    • \n
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  • New South Wales DPI
    • \n
  • The University of Sydney
    • \n
  • Macquarie University
    • \n
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  • Charles Darwin University
    • \n
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  • University of Windsor
    • \n
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  • Townsville Hospital and Health Services
    • \n
  • QLD Department of Environment and Science
    • \n
  • AusPhage
    • \n
  • Townsville Health Service District
    • \n
  • Townsville City Council ...
    • \n
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  • Flinders University
    • \n
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  • The University of Melbourne
    • \n
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    \n
  • CSIRO, Oceans and Atmosphere
    • \n
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