关于

Ira Cooke是生物信息学的高级讲师，也是生物信息学的联合主任热带生物信息学和分子生物学中心．他运用一系列高通量(大数据)分子技术来了解海洋生物的进化、分子生物学和生态学。

Ira的研究使用种群基因组学来了解海洋环境中的局部适应，方法是将最近的生物地理事件与特定基因和基因组区域的进化过程联系起来。这项工作的主要目标之一是提高我们对海洋分类单元的基本分子生物学的理解(即基因是什么以及它们是如何被调节的)。为了进一步实现这一目标，Ira经常合作，为结合进化-进化、生理学和比较基因组方法的项目提供生物信息学专业知识。

Ira还开发分析工具，以促进海洋分类植物的分子生物学研究。这些工具通常针对特定的问题，与生物学项目相关。例如，他的研究小组开发了一种从蛋白质序列中分类抗菌肽的工具(ampir)，以协助研究珊瑚与微生物的相互作用。过去，他曾致力于简化以质谱为基础的蛋白质组学数据的工具。

Ira在JCU获得了海洋生物和化学(荣誉)理学士学位，随后在澳大利亚国立大学获得了物理学博士学位。随后，他在德国马克斯普朗克聚合物物理研究所与Markus Deserno教授一起完成了博士后研究，在那里他开发了一个模拟大规模脂质自组装的模型。随后，他在英国与比尔·萨瑟兰(Bill Sutherland)教授一起研究了几年农田的经济和生态模型。Ira于2010年回到澳大利亚，在拉筹伯大学质谱分析机构担任生物信息学家的职务。2016年，他转到詹姆斯库克大学。

教学
  • BC2023:分子遗传学(2级;TSV)
  • BC3101:基因、基因组与发展(3级;TSV)
  • BC3202:生物化学和分子生物学专题(3级;TSV)
  • BC3203:生物信息学(3级;TSV)
  • BC5101:高级基因、基因组与发展(5级;TSV)
  • BC5203:先进的生物信息学(5级;TSV)
利益
研究
  • 海洋生物群体遗传学
  • 头足类动物毒性的演化
  • 抗菌肽发现软件
教学
  • 生物信息学
研究学科
社会经济目标
出版物

这些是与这位作者有关的最新出版物。要查看存储在JCU的所有出版物的详细资料，请访问ResearchOnline@JCU．悬停在Altmetrics徽章上查看社交影响。

期刊文章
更多的

ResearchOnline@JCU商店55 +研究成果作者是Ira Cooke博士，从2011年开始。

目前的资金

当前和最近的研究经费以资金来源和项目来说明对JCU的贡献。

澳大利亚研究理事会-联系-产业转型研究中心

ARC研究中心通过遗传解决方案增压热带水产养殖

表明资金
与澳大利亚基因组研究机构合作，4年4,996,503美元(15万美元);小天鹅湾珍珠PL(50万美元);主流水产养殖(500000美元);Sea Forest Pty Ltd(50万美元)和THE COMPANY ONE Pty Ltd(50万美元)
总结
该项目旨在将最前沿的遗传和基因组方法整合到澳大利亚北部热带地区的创新型水产养殖企业中。它将提供必要的遗传知识，以促进五种物种(鲈鱼、珍珠牡蛎、对虾、石斑鱼和海洋海藻)的世界领先的高产育种项目，同时对抗病的遗传基础以及生产环境如何与细菌微生物组、病原体和水质相互作用导致疾病的新认识。它将提高澳大利亚向水产养殖部门提供先进遗传学成果的能力，同时提高生产力、国际竞争力，并降低疾病风险。
调查人员
院长杰里，Kyall曾庆红本杰明•海斯岩石de Nys，大卫伯恩，Andreas Lopata，罗恩白，Jan Strugnell，Chaoshu曾，凯利康登，Mostafa拉希米Azghadi爱尔兰共和军库克,狮子座Nankervis而且卡拉Ewels北京理工大学科学与工程学院;昆士兰大学公共卫生与医学与兽医科学学院
关键字
选择育种;基因组学;水产养殖

澳大利亚热带学术健康中心有限公司-研究种子资助

使用便携式长读测序诊断北方地区慢性肾脏疾病

表明资金
2年5万美元
总结
该项目致力于慢性肾病(CKD)遗传倾向的早期诊断，CKD给北昆士兰人口带来越来越大的负担，并对澳大利亚土著人民造成了不平等的影响。我们将开发一种移动诊断管道，使用靶向的DNA/RNA长读测序方法，对遗传性CKD易感物和循环生物标志物进行快速和经济高效的筛查。
调查人员
Ulf施密茨，Mallett安德鲁，马特领域，保罗•霍尔伍德中校，海伦怀特、Chirag Patel、Ira Cooke和Ben Lundie(公共卫生、医学和兽医科学学院、医学和牙科学院、卫生保健科学学院、昆士兰临床遗传学服务而且病理学昆士兰）
关键字
读测序;纳米孔;慢性肾脏疾病;基因检测;有针对性的测序;转录组的复杂性

PADI基金会-研究补助金

利用珊瑚的基线基因表达作为对大堡礁热应激敏感性的预测因子

表明资金
1年10,670美元
总结
我的工作探索了跨越GBR的多种珊瑚物种的局部热适应模式。我将研究导致种群热弹性差异的基因变化。该项目将识别在更耐受性个体中上调的基因，使这些基因成为珊瑚耐热性遗传标记的潜在候选基因。这样的转录标记将使我们能够快速探索可量化的热耐受性指标。具体目标概述如下。？识别易感和耐药个体的差异表达基因。？开发基因标记，以预测珊瑚热应激反应部署在大的空间尺度。
调查人员
约瑟芬·尼尔森，艾拉·库克，Jan Strugnell公共卫生、医学与兽医科学学院、科学与工程学院、澳大利亚海洋科学研究所，悉尼科技大学）
关键字
小鹿角螺(鹿角螺科);基因表达;RNASeq;热耐受性;生物信息学;珊瑚

澳大利亚研究理事会-联系-项目

珊瑚恢复力和生物多样性的最佳管理

表明资金
3年35,760美元(由科廷理工大学管理)
总结
珊瑚礁管理者面临的最紧迫的问题之一是“造礁珊瑚能否在气候变化中存活下来?”要回答这个问题，管理人员需要知道珊瑚生物多样性对气候干扰的反应;适应和适应的潜力;以及监测、管理和恢复生物多样性的最佳方法。该项目将研究珊瑚生物多样性对干扰的恢复能力，并利用最近开发的基因组资源来探索赋予热耐受性的基因型特征。与政府、监管部门和行业团体合作，我们的目标是产生切实的成果和战略，以优化澳大利亚?与此同时，透过以博物馆为基础的外展活动，与公众互动。
调查人员
佐伊·理查兹，迈克尔·邦斯，大卫·米勒， Ira Cooke和Michael Stat与Jim Underwood, Nerida Wilson, James Gilmour和Andrew Halford (科廷理工大学公共卫生、医学和兽医科学学院，澳大利亚海洋科学研究所，西澳大利亚博物馆，西澳生物多样性和保护及景点部）
关键字
珊瑚;疣;抗压力能力;人口基因组学;生物标志物;群体遗传学
监督

咨询认证:我可以成为你的顾问团的主要或次要顾问。

这些高等学位研究项目要么是当前的，要么是由在JCU过去5年内完成学业的学生完成的。链接标题显示论文可在ResearchOnline@JCU．

当前的
  • 细菌中PPDK的特性及其对pep的调控(博士、二级顾问/AM)
  • 珊瑚再生和发育的分子基础比较(博士、二级导师)
  • 澳大利亚西北部耐热珊瑚群落自然选择的全基因组分析(博士、初级导师)
  • 水质对千孔Acropora Millepora珊瑚生理性能的影响(博士、二级导师)
  • 选择性繁殖珊瑚耐热性的基因组预测(博士、二级导师)
  • 南极海洋无脊椎动物的种群连通性(博士、二级导师)
  • 与鲍鱼的夏季死亡率作斗争:一点点压力是有益的吗?(博士、二级导师)
  • 澳洲考拉(Phascolarctos cinereus)种群结构和适应性的基因组模式研究(博士、二级导师)
  • 对大堡礁珊瑚的热塑性和阈值性能的全基因组评估(博士、二级导师)
  • 珊瑚礁生物多样性的驱动因素——拮抗生物在浅生和中生珊瑚礁上支持物种丰富和丰富的作用(博士、二级导师)
  • 珊瑚礁修复技术(巨藻去除结合幼虫捕获和释放)对澳大利亚磁岛巩膜藻种群遗传多样性和连通性的影响(博士、二级导师)
  • 利用生物信息学工具改进甲壳类和鱼类过敏的诊断(博士、二级导师)
  • 了解一种新的骨骼肌肌生成调节因子(博士、二级导师)
  • 珊瑚与微生物在黑带病发展过程中的相互作用(博士、二级导师)
  • 利用蛋白质组学、转录组学和系统发育学研究珊瑚沉降和蜕变的受体和信号通路(博士、二级导师)
完成
协作

该地图显示了过去7年各院校的研究合作情况。
注意:地图上的点表示机构所关联的国家或州。

Austria:\n
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  • Universit\u00e4t Wien
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  • Katholieke Universiteit Leuven
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  • Universit\u00e9 Catholique de Louvain
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  • University of Copenhagen
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  • Christian-Albrechts-Universit\u00e4t zu Kiel
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  • Universit\u00e4t Konstanz
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  • National University of Ireland
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  • Tel Aviv University
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  • University of Tokyo
    • \n
  • Okinawa Institute of Science & Technology Graduate University
    • \n
  • Kyoto University
    • \n
  • University of the Ryukyus
    • \n
  • National Institute for Basic Biology
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  • Victoria University of Wellington
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  • Nofima Marine
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  • Universitetet i Bergen
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  • Polish Academy of Sciences
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  • Warsaw University of Technology
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  • King Abdullah University of Science and Technology
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  • National Taiwan University
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  • Wellcome Sanger Institute
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  • University of East Anglia
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  • University of Cambridge
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  • University of Arizona
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  • Australian National University
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  • Commonwealth Scientific & Industrial Research Organisation
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  • California Academy of Sciences
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  • Stanford University
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  • Florida International University
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  • Florida Institute of Technology
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  • Marine Biological Laboratory
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  • University of Minnesota - Minneapolis-St Paul
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  • Princeton University
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  • University of Technology, Sydney
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  • The University of New South Wales
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  • The University of Queensland
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  • Australian Institute of Marine Science
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  • Great Barrier Reef Marine Park Authority
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  • Museum of Tropical Queensland
    • \n
  • Queensland Clinical Genetics Service ...
    • \n
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  • Flinders University
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  • University of Adelaide
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  • Columbia University
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  • University of Tasmania
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  • CSIRO, Marine & Atmospheric Research
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  • Vanderbilt University
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  • The University of Western Australia
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  • Curtin University of Technology
    • \n
  • Western Australian Museum
    • \n
  • WA Department of Biodiversity, Conservation and Attractions
    • \n
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