2000年2月，JCU医学院向第一批64名学生敞开了大门。建立这所学校的目的是增加了解农村、偏远、土著和热带地区健康问题的医学毕业生的人数，他们随后将选择农村实践。有700到800名学生申请了学院的第一批招生。第一批学生于2000年2月21日在借来的空间开始该项目，当时医学院大楼正在建设中。该设施于2000年12月5日由卫生和老年护理部长议员迈克尔·伍尔布里奇博士正式开幕．该项目在第一年非常成功，联邦政府将招生名额从64个增加到80个。其中五个名额为土著申请人保留。

第一年结束后，JCU医学基金会院长理查德·海斯教授说:“我们正在领导澳大利亚的医学教育辩论，因为我们敢于与众不同，将时间、精力和金钱投入到我们认为正确的事情上。我们生活在一个服务水平低下的地区，我们有责任对那些支持和资助我们的人负责，培养那些在世界任何地方都能昂首挺胸、但愿意在这里工作的医生。”

海斯教授并不指望JCU医学院所有的学生都能成为农村医生，但他表示，他们中的很大一部分人在毕业后会继续在农村或偏远地区接受培训。20年过去了，最初的使命已成为现实，2005年至2016年期间，75%的医学毕业生在地区或偏远地区工作了一年或更长时间。